seguramente lo que quieres hacer es un JOIN de tablas que estan Normalizadas y se relacionan por un campo en comun, por ejemplo (dni del alumno, ya que tiene que ser unico e irrepetible), bueno todo se basa en una consulta SQL y un Filtrado de resultados.
Código PHP:
select nombre, apellido, nota, materia from tabla_alumnos inner join tabla_materias on tabla_materias.dni = tabla_alumnos.dni order by tabla_materias.materia desc