Puedes usar MD5() de Msyql en cuanquier momento en tus sentencias SQL ...
Si para ingresar ese Usuario . usastes phpMyadmid por ejemplo si te fijas en la sentencia SQL que usó .. para hacer tu consulta SQL por ese campo en MD5() .. usalo desde SQL también:
Código PHP:
$sql="SELECT * FROM usuario='".$usuario."' AND pass=MD5(".$pass.")";
Un saludo,