Solo crea una cadena en php con a dirección y las variables que quieres pasar al popup e invoca a una funcion en javascript para crear popup.
te pongo un ejemplo.
$dir="pagina.php?var1=".$var1."&var2=".$var2;
la llamada es
<a href=javascript
:creaPopup('$dir')>
y la fucion para crear popup es
function creaPopup(URL)
{
window.open(URL, "curso", "menubar =0, scrollbars=1, height=540,width=780,left=0,top=0")
}
</script>
A mi me funciona