El ".htaccess" es un archivo de configuración (de Apache o de PHP incluso entre otros) de propiedades de un directorio del servidor .. Entre otras cosas .. se puede usar para implementar métodos de autentificación (login) para entrar a dicho directorio .. Pero no es lo único que se puede hacer con el.
Así que .. será mejor que definas que es eso de "Php una sección abierta atravez de un httaccess" ...
Si te refieres a que usas autentificación HTTP vía tu .htaccess .. sería mejor que controlases todo el proceso de acceso (login) con PHP:
http://www.php.net/manual/en/features.http-auth.php
(lee los comentarios de los usuarios .. tiens propuestas para hacer un "salir" de tu zona autentificada por HTTP. En el fondo se trata de conocer dicho protocolo HTTP ... así que si acudes a sus RFC's correspondientes sería lo ideal para ver si es posible o como hacerlo).
Un saludo,