Cita: yo metería todas las empresas en la misma BD para más facilidad al relacionar los datos
Estoy de acuerdo daz,

aunque depende también del tamaño de registros que vayan a existir y cuantas tablas vayas a ocupar..

.ya que si son demasiados y todo lo tienes en una sola BD puedes llegar a tener un bajo performance en los tiempos de respuesta.
Por otro lado si estas usando SQL Server puedes tambien crear algunos filegroups así como clusters y nonclusters en algunos campos que sean necesarios para mejorar los tiempos.
p.d Tambien depende del numero de empresas que vayas a tener.
Saludos y suerte