Si llamas al nombre de tus checkbox como:
<input type="checkbox" name="nombre[]" value="valor">
(dale el valor que corresponda a cada checkbox)
en PHP recibiras un array que puedes leer como tal. Ejemplo:
Código PHP:
foreach ($_POST['nombre'] as $valor){
echo $valor."<br>";
}
Hay una FAQ que habla del tema (de las últimas) con un ejemplo más práctico ..
Un saludo,