Creo yo que lo que convenría sería crear una DB única, al hablar de empresas, según yo, estoy viendo que mas o menos todos los datos serían similares, parametriza tus tablas de modo tal que si requieres una multiplataforma, por medio de esos parámetros en tu DB puedas acceder a diferentes funciones según la empresa, finalmente creo que utilizando un motor aceptable(SQL, MySQL o superior
) no deberías tener problemas derivados de la DB.
Salu2,