Lo primero que hará falta es detectar en que dominio está .. para eso puedes usar:
$_SERVER['SERVER_NAME']
(si esa no es .. revisa mas en:
http://us2.php.net/manual/en/reserved.variables.php )
Con esa variable ya podras montar tu condicional .. sea un if () .. o un switch() .. o lo que corresponda.
Ese código tendas que insertalo en tus páginas de tu subdominio y estas tendran que ser .php para que se pueda ejecutar dichó código PHP.
Luego será cosa de hacer un include() del código HTML de tu cabecera y el del pié de página donde corresponda en tu diseñó como si de un SSI (Server Side Include) se tratase:
<? include("cabecera.html"); ?> // html, php da igual ...
<? include("pie.html"); ?>
Un saludo,