Y me respondo yo misma:
Los sitios como el que quiero hacer almacenan los archivos en forma separada, no como campos texto. La base de datos se encarga de guardar los nombres y otros datos para su búsqueda rápida.
Un ejemplito interesante que ahora estoy revisando está en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...ies/index.html
Le escribí a la autora y tuvo la amabilidad de explicarme que éste es el método de acceso más rápido y que evita una serie de problemas en cuanto al formato. Además, se almacenan los archivos como tipo txt y html por una cuestión de espacio.