Hola,
Visio "solo" es una herramienta de diseño, igual que puede ser el lapiz y papel o el DIA. Creo que hay alguna herramienta UML opensource que exporta los diagramas a PHP (no se si solo a la version 5).
Ademas de POO, es recomendable los patrones de diseño (
www.phppatterns.com). Tambien puede ser interesante darse una vuelta por el proyecto wact (
http://wact.sourceforge.net/) y por el foro de PHP avanzado de
www.sitepoint.com .
Suerte.
PD: Busca los mensajes de Webstudio y vitxo, que en alguno de ellos discutian un sistema de plantillas avanzado.