Tienes que tener cuidado con las comillas .. Si abres un echo con comillas dobles .. si usas comillas simples dentro del mismo .. debes "escaparlas" con \" .. tal cual lo has hecho en algunas partes pero no en todas:
Código PHP:
echo "<td><a href=\"../Consultas/Ficha.php?Especie=".$row['Especie']."\" onclick=\"NewWindow(this.href,'Name of window:','800','600','no','center');return false\" onfocus=\"this.blur()\">";
Un saludo,