Hola otra vez:
 
Te he preparado un ejemplo sencillo: 
http://www.pepemolina.com/imagenes/maparaborrar1.html que es tan solo dividir la página anterior en 2, una de las cuales es un popup y la otra la que tendría que tener el mapa. (está simulado con una tabla, pero con areas sería igual) 
El código es:   
 Código PHP:
    <html>
<head>
<script>
function zona(n)    {
    var destino = "popupparaborrar.html?zona=" + n;
    window.open(destino, "" , "width=700,height=540");
}
 
</script>
</head>
<body >
 
 
<table cellspacing=0 cellpadding=0>
    <tr>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva52.jpg" onclick="zona(0)"></td>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva62.jpg" onclick="zona(1)"></td>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva66.jpg" onclick="zona(2)"></td>
    </tr>
 
    <tr>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva73.jpg" onclick="zona(3)"></td>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva81.jpg" onclick="zona(4)"></td>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva82.jpg" onclick="zona(5)"></td>
    </tr>
 
    <tr>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva91.jpg" onclick="zona(6)"></td>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva95.jpg" onclick="zona(7)"></td>
        <td style="text-align: center"><img src="fotos/mini/Diapositiva100.jpg" onclick="zona(8)"></td>
    </tr>
</table>
 
 
</body>
</html> 
   
  ... y el popup:  
 Código PHP:
    <html>
<head>
<script>
var dibujos;
function subir()    {
    if (actual > 2)    {
        actual -= 3;
        document.images.centro.src = dibujos[actual].src;
    }
}
 
function bajar()    {
    if (actual < 6)    {
        actual += 3;
        document.images.centro.src = dibujos[actual].src;
    }
}
 
function izq()    {
    if ((actual % 3) > 0)    {
        actual -= 1;
        document.images.centro.src = dibujos[actual].src;
    }
}
 
function der()    {
    if ((actual % 3) < 2)    {
        actual += 1;
        document.images.centro.src = dibujos[actual].src;
    }
}
 
function precarga()    {
    var imagenes = new Array(precarga.arguments.length)
    for (var i = 0; i < imagenes.length; i ++)    {
        imagenes[i] = new Image();
        imagenes[i].src = precarga.arguments[i];
    }
    return imagenes;
}
 
function ini()    {
    dibujos = new precarga('fotos/maxi/Diapositiva52.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva62.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva66.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva73.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva81.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva82.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva91.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva95.jpg',
            'fotos/maxi/Diapositiva100.jpg');
    actual = parseInt(location.search.split("=")[1]);
    document.images.centro.src = dibujos[actual].src; 
}
 
</script>
</head>
<body onload="ini()" style="margin: 0;">
 
<table border=1 >
    <tr>
        <td> </td>
        <td style="text-align: center" onclick="subir()"> ↑ </td>
        <td> </td>
    </tr>
 
    <tr>
        <td style="valign: middle" onclick="izq()" > ← </td>
        <td style="text-align: center"><img name="centro" src=""></td>
        <td style="valign: middle" onclick="der()" > → </td>
    </tr>
 
    <tr>
        <td> </td>
        <td style="text-align: center" onclick="bajar()" >↓ </td>
        <td> </td>
    </tr>
</table>
 
</body>
</html> 
   
  Es bastante sencillo, pero funciona bastante bien. Las medidas del popup las puse a ojo, pero si usas valores absolutos en los estilos, seguro que consigues un buen efecto. 
Bueno, cuando esté terminado, avisa. 
Saludos