Saludos.
Bien lo que hice fue agregar el parámetro "display" dentro del style que ya existia:
<div id="Madre" style="position:absolute; left:200px; top:250px; width:328px; height:178px; z-index:1; overflow: hidden; visibility: inherit; display: none;">
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="250" hspace="0" vspace="0">
<param name="movie" value="file.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="file.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="250" hspace="0" vspace="0" loop="false" type="application/x-shockwave-flash" scale="noborder" play="false"></embed>
</object>
</div>
Ahora si funciona puerfectamente.
Muchas Gracias