Si hay diferencia, en programación y en rapidez. El entorno de programación te permite hacer con unos cuantos clicks lo que en ASP te toma varias líneas de programación (a veces muchas) y por la tecnología que utilizan las ASPX son más rápidas de cargar que las ASP normales si no han sufrido cambios, y mucho más rápidas si se utiliza el caché.
Para más información verifica la documentación que proporcionan en
http://www.microsoft.com/spanish/msd...ce/default.asp (en esta página podrás documentarte sobre .Net y aprender a desarrollar).