Aclaración:
Las cookies se crean en el "cliente" no en el servidor. Como mucho podría tener desactivado la función: setcookie() .. que es la que usas en PHP para "lanzar" cookies al cliente (crearlas) y sus arrays superglobales (u otros métodos) $_COOKIE para leerlas ..
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La función setcookie() dispone de unos parámetros para indicar el "directorio" de validez de la cookie .. En ocasiones es necesario indicar cual .. sea un "\" (como "raiz") o una ruta concreta .. Revisen la documentación al respecto:
www.php.net/setcookie
Un saludo,