Tienes que usar el $con2 y el $con1 (que supongo que crearas en el otro "conecta.php") en los subsiguientes mysql_query() de cada una de las consultas que le pertenezcan a cada BD
Código PHP:
$resultado_bd1=mysql_query("Sentencias SQL",$con1);
$resultado_bd2=mysql_query("Sentencias SQL",$con2);
Un saludo,