Hola:
En mi último proyecto tuvimos ese molesto problema y nos costó averiguar por qué sucedía.
En nuestro caso es que al reiniciar el servidor nunca llegaba a terminar de cargar el Global.asa porque el antivirus estaba buscando virus.
Esto no quiere decir que a ti te pase lo mismo pero por si acaso...
La respuesta la encontré en el sitio de Microsoft y a modo de curiosidad diré que tarde dos días en arreglar el problema porque al ver la respuesta que daba Microsoft ni me lo creía y no le hice caso. Al final tenía razón.
Bueno, espero que sirva de algo. Un saludo, amigo. :)
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