Como configuras tu llamada a tu script.php bajo el cron job?
Si lo haces como:
GET
http://www.tal.ta/script.php > /dev/null (o archivo de salida para log's ..)
Podrás usar tal cual tu script que bajo lalmada por el URL bajo tu servidor HTTP te funciona (por ende .. asegurate que funcione antes en modo "HTTP")
Si vas a llamar a tu script bajo "linea de comandos" (que será el cron job") el que lo lleme .. debes serguir las normas de:
CLI (Command Line Interface)
http://www.php.net/features.commandline
Un saludo,