El campo es Char(), ya que así me lo creo al importarlo de access. Ahora que pienso deberia ser num.
De todas formas muchas gracias ya he encontrado la solucion buscando funciones para tratar cadenas en mysql.
Esta es la sentencia
$sql="SELECT `IDFACTURA`,`NFACTURA`,`CODIGOCLIENTE`,DATE_FORMAT (FECHAFACTURA,'%d-%m-%y'),DATE_FORMAT(FECHACOBRO,'%d-%m-%y'), SUBSTRING(nfactura,1,4) AS num FROM $tabla WHERE SUBSTRING(nfactura,5)=04 order by num desc LIMIT $limite1,$limite2";
Con SUBSTRING(nfactura,1,4) consigo que me muestre los cuatro primeros caracteres, para luego tambien poder ordenarlos por esos valores y con SUBSTRING(nfactura,5)=04 filtro solo los que los ultimos valores de la cadena sean 04.
Osa ordeno inversamente solo las facturas de 2004, para así ver cual fue la ultima que se asignó.
Este es el resultado de la consulta:
NFACTURA CODIGOCLIENTE DATE_FORMAT(FECHAFACTURA,'%d-%m-%y') num
012104 19200504E 22-05-04 0121
012004 18960504M 12-05-04 0120
011004 18990504E 25-04-04 0110
010904 18950504C 06-04-04 0109
010804 18920404C 13-04-04 0108
Como verán muestro en el orden deseado ordenando por la substring num.
Obejetivo conseguido
P.D.: Este pos creo que pertenece más a Bases de datos que a PHP ya que la solución al da MySQL y no PHP.