Hola
Bueno, la verdad es que es algo bastante simple:
FTP significa: File Transfer Protocol o protocolo de transferencia de archivo.
Es un sistema de envio de información que logra mayor velocidad que el http para este fin. Te abre la misma ventana, porque al final, lo que estabas era recibiendo un archivo, es decir, el fin era el mismo en tu caso, sin embargo, la mecánica interna no.
Por ejemplo, cuando navegas, ves las páginas gracias al protocolo http, pero paea subirlas al servidor, utilizas el ftp.
Podría seguir explicando, pero hay muchas webs que lo hacen muy bien. Te recomiendo que hagas algunas búsquedas por ahi, pero por el momento, toma esta página:
http://colposfesz.galeon.com/ftp.htm
Suerte
Felicidad