Hola
Para guardar la hora yo utilizo esta función:
<?php
require("conexion.txt");
$fecha = date("Y/m/d");
$hora=date("h:i");
$sql = "INSERT INTO tbitacora (CveEmpre, NombreBi, FechaBit, Horasbit, AccionBi) VALUES ('$CveEmpre', '$NombreBi', '$fecha', '$hora', ". "'$AccionBi')";
$result = mysql_query($sql);
?>
Espero te sirva de algo...
Salu2