prueba así.....
<script language="JavaScript">
function auto ()
{
var nWdt = screen.width;
var nHgh = screen.height;
if ((nWdt == 640) && (nHgh == 480)){
document.write(' <link rel="stylesheet" href="estilo1.css" type="text/css">');}
else if ((nWdt == 800) && (nHgh == 600)){
document.write(' <link rel="stylesheet" href="estilo2.css" type="text/css">');}
else if ((nWdt == 1024) && (nHgh == 768)){
document.write(' <link rel="stylesheet" href="estilo3.css" type="text/css">');}
}
</script>
deberías poner un else general por si no coincide ninguna de las resoluciones propuestas en el script
