De javascript ..
El primer parámetro de "window.open" indica el nombre del URL donde vas a cargar esa página al abrir la ventana .. así que le puedes "enviar" variables por GET como si de un LINK común se tratase ...
Código PHP:
window.open('tu_pagina_que_abres.php?variable=<? echo $variable ?>','nombre_ventana','propiedades ventana')
Un saludo,