hola
pues fijate que yo tuve el mismo problema a lo que me recomendaron volver a repetir los pasos para la instalacion del php - gtk pero aun asi no pude, lo que hice fue comentar esas dos lineas en donde marca el error y despues descargar la libreria php_gtk.so y copiarla en el lugar que corresponde y hasta ahora no he tenido problema checa en el foro Puse una duda acerca de Instalar el php-gtk en Linux espero te sirva
http://www.forosdelweb.com/f51/intalar-phpgtk-linux-168496/
ahi pogo el articulo que habla sobre cpmentar esas lineas del Warning.
espero te sirva.
alguna otra duda ?