Para asegurarte de eliminar lo del disco también puedes probar el
Disk Scrubber, pero borra discos ENTEROS, no archivos particulares.
Haces bien en respaldar, por lo regular la cia. se hace responsable del hardware, pero por ejemplo si se cae el disco su responsabilidad es simplemente reponerte el disco, de la info que habia no obtienes nada.
Ya que te la regresen haz pruebas intensas, para asegurar que la maquina trabaja bien, por ejemplo PRIME95 o CPUKILL por una noche completa (o varias seguidas)