Porque las tablas HTML están destinadas a organizar datos tabulares, no para determinar las zonas o regiones de la maquetación de una página. Es una cuestión de separar el contenido de la presentación, hacerlos independientes a través de hojas de estilo y xHTML bien formado, respectivamente.
Tiene muchas ventajas y otros inconvenientes, pero vale la pena zambullirse en ese mundo, y si no pásate por
www.csszengarden.com y flipa con los diseños.
Yo también me llevé el batacazo y la verdad que diseñar webs así, de forma correcta y siguiendo los estándares web (
www.webstandards.org), da gusto y te da muchísima más flexibilidad que con una tabla. :)