Depende, si son AVI puedes hacerlo con virtualdubmod, si son MPG puedes hacerlo con TMPGEnc. Eso sí, todos los archivos deben ser como dos hermanos gemelos, tienen que tener la misma resolución, los mismos codec, el mismo framerate, el mismo formato, etc. Si no pues nada, hay que recodificarlos para que todos tengan las mismas características.
Saludos
