Hola Vistor Blader:
 
El salto de línea es "\n", y si es principio o final de línea podrías concatenarlo...  
  
function eliminar(texto, valor) {
// texto es el textarea
// valor es lo que quieres eliminar
  return texto.replace("\n" + valor, "");
} 
No sé si se parecerá a tu función, sino será cuestión de que la adaptes. 
Saludos