Hola,
No sé si será este el problema, pero creo que lo que pasa es que no existe una relación directa entre Estudiantes y Asignaturas, y por tanto te muestra el mensaje que nos dices.
La solución al problema, según mi criterio, es reorganizar las tablas, creo que el objetivo que pretendes lo puedes realizar tan solo con dos de esas tablas: Estudiantes y Asignaturas.
El código que nos muestras está correcto (si no se me escapa nada...) así que el problema lo veo donde te estoy diciendo. Prueba a usar solo dos tablas y la relación que une esas dos tablas.
Suerte!
