Hola
Pues te recomiendo el TMPGEnc DVD Author, que supongo ya sabrás usar ¿no? Bueno, pues la cuestión es que le tienes que meter los MPG en el formato adecuado, que sea un formato compatible con la autoría de DVD, porque si no te pasa eso y te da errores por todos lados.
Los únicos formatos compatibles con la autoría DVD (y por consiguiente con TMPGEnc DVD Author) son el VCD, CVCD, CVD y DVD. Si quieres meter muchos MPG por disco, usa el formato VCD, o sea que te toca pasar los MPG que tengas a formato VCD para que así sean compatibles con la autoría DVD, y el programa ya no dará errores.
Por cierto el error del "GOP too long" en general se puede ignorar, aunque siempre es recomendable que los videos tengan un GOP adecuado (15 frames en PAL y 18 en NTSC como máximo). Puedes buscar la opción del GOP en el programa que uses para pasar a VCD, pero normalmente ya vienen configurados por defecto en esos valores estandar asi que no hay que preocuparse demasiado al hacer la conversión.
Suerte