Tendrias que cambiar de usuario con SUDO o alguna herramienta similar. Ahí tomarias el control (cambiar) al usuario "root" o el que necesites y podrías continuar ejecutando comandos (bajo ese usuario) con exec() y funciones afines.
SUDO
http://www.courtesan.com/sudo/
Pero, lo ideal es que busques otros métodos para gestionar tus usuarios de tus servidores .. supongo que de e-mail (POP? o IMAP) o de FTP .. o de cualquier otro. La mayoría de estos servidores pueden gestionar usuarios desde otras fuentes de datos y no sólo desde usuarios del sistema operativo .. así podrías gestionar usuarios desde Base de datos, archivos de texto plano .. servidores LDAP.. etc. Ganando en seguridad de tu sistema.
Un saludo,