Podrias usar:
Código PHP:
$tu_cadena=str_replace ('\n','\n\n',$tu_cadena);
Donde \n sería el chr(10) (no sé si ese es el código del salto de línea).
Es decir ... cada dos \n me quedo con \n (uno) .. No sé si pretendes elminar todo sálto de línea pero si es así .. usa '' para el 1er parámetro de str_replace()
A todo esto .. suponemos que los saltos de línea los provoca un <inptu> de un formulario (y no son ya HTML en su tag: <br> o </ br>)
De esta forma .. luego podras igualmente usar nl2br() para convertir los \n que queden en sus <br> si necesitas presentarlo en HTML.
Un saludo,
PD: \n o \n\r o \r sería el salto de línea dependiendo del S.O. .. hay una faq que habla del tema en este foro PHP.