No sé si será solo cuestión de orden de los layers. pero al <div> en el que tienes tu menú puedes hacerle algo así...
<div style="z-index:100">
Eso lo pondrá por encima de todos los demás elementos. Ahora que si el problema es causado por algun bug del explorer o de flash, pues esto no va a ayudar.
De hecho recuerdo haber visto algo así en el foro de Flash (En las FAQ), revisalo por si acaso.