¿Te refieres a guardarlo fisicamente en la base de datos?
Si es así lo suyo es que guardes un nombre del archivo mas su ruta y el archivo en sí lo metas en un directorio del servidor. Después pones un enlace y el cliente decide si quiere ver o guardar (en el caso de doc, xls, ...) o se ven directamente y luego se guardan en el caso de (jpg, pdf...). Para guardar necesitas por una parte meter la ruta del archivo y nombre del archivo en la base de datos y por otra parte meter el archivo en el servidor; seguramente este enlace te ayude:
http://www.forosdelweb.com/f15/comprobar-si-existe-antes-subir-archivo-210658/
Si no es eso... me parece que no he entendido muy bien tu pregunta.
