bueno vampira, falta de confianza he....
yo lo haría de una forma algo diferente, pero tu código como punto de inicio.
Primero defino la variable e JS antes que llenarla...
Código:
<script language="Javascript">
var afotos = new Array();
</script>
ahora si, la llenamos...
Código PHP:
<?
require ("conexion.php");
$sql = "SELECT ImagenEm FROM timagenes WHERE CveEmpre = 1" ;
$result = mysql_query($sql);
//Se determina un contador inicializado en cero
$contador= 0;
//con la instrucción mysql_num_rows sabemos cuantos registros hay en las tablas de acuerdo al query
$registros= mysql_num_rows($result);
//mysql_data_seek($result, 0);
//se realiza la condición mientras el contador sea menor que los registros que existen se va a ejecutar
while ($contador < $registros)
{
?>
<div align="center">
<?
$datos = mysql_fetch_object($result);
$rutaImagen = $datos -> ImagenEm;
//QUE ES $IP???
$imagen = $ip.$rutaImagen;
echo $imagen;
?>
<script language="Javascript">
afotos[<?php echo $contador; ?>] = <?php echo $datos->imagenEm; ?>
</script>
<a id="imagen" name="imagen" href="javascript:afoto('<? echo $imagen; ?>','450','350')"><img width="150" height="150" src="<?php echo $imagen; ?>"></a>
</div>
<? $contador++; }?> ?>
bueno, espero no haber cometido algun pequeño error por ahi.... aunque sería mas eficiente llenar completamente primero el array en un solo script de Java, sin tener que abrir y cerrar las etiquetas de <script cada vez...
saludos :)