Buenas, ningun programa te hara PHP compilado ... o ilegible ... com o mucho podras ofuscarlo, de todas maneras existe Instaladores predefinidos para Windows donde colocas todos los arhcivos y te genera los accesos directos, los iconos en los menus ... etc etc a partir de un .exe (digamos que se comprime en un .exe)
Hace mucho tiempo ya se comento todo esto en los foros ... mejor si revisais los mensajes y os informais
Un saludo!