Desde PHP simplemente lanzas la creación de tu cookie:
setcookie()
Si el cliente la acepta .. la podras obtener en tus próximas ejecuciones de tus scripts de tu aplicación (vía: $_COOKIE['nombre_que_le_des'])
La prueba para saber si el cliente acepta cookies o no sería del tipo "ensayo y error" .. es decir, envias la cookie (setcookie()) y seguidamente recargas la página para intentar leer su valor .. si lo obtienes ya sabe que las acepta sino, no la vas a obtener.
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El tema de la hora GMT puedes usar:
gmmktime()
http://cl.php.net/manual/es/function.gmmktime.php
Pero, la duración de una cookie se suele expresar en "segundos desde que se creó" .. así que te debería ser indiferente si la hora se tomó como referencia GMT 0 o GMT -04:00 (que vendría a ser Chile). Pero si quieres que la cookie expire X dia a tal hora .. OK, usa la función mencionada para definer una fecha concreta (y obtenerla en formato UNIX TIMESTAMP (con tu correción de la franja horária) para aplicarlo en la función setcookie() y definir su tiempo de vencimiento.
Un saludo,