Puedes probar esto
Código PHP:
$sql="select * from tabla where TO_DAYS(fecha) > TO_DAYS(CONCAT_WS('/',RIGHT($fecha1,4),SUBSTRING($fecha1,4,2),LEFT($fecha1,2))) AND TO_DAYS(fecha) < TO_DAYS(CONCAT_WS('/',RIGHT($fecha2,4),SUBSTRING($fecha2,4,2),LEFT($fecha2,2)))";