<tr>
<td><strong><font color="#FF9900" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">Referencia</font></strong></td>
<td> <div align="left"> <input name="referencia" type="text" id="referencia" size="30" VALUE="<? echo $linea->ref ?>"></div></td>
</tr>
ves el "echo" antes de $linea->ref ?
lo que pasa es que si estas metiendo el php en medio del html debes "imprimirle" el valor de php... o eso creo... mucho no se.
en fin, asi funcionará.
hasta luego