Hola Javier_CDH:
Tienes que usar setTimeout(acción, milisegundos);
La acción tiene que ser una cadena de textos que se evalúa pasados los milisegundos del segundo parámetro...
Lo que quieres sería así:
var ventana = window.open("destino");
setTimeout("ventana.close()", 5000);
En el ejemplo se cerraría pasados 5 segundos (5000 milisegundos)
Saludos
