De que manera estás intentando pasar los valores ?
puedea hacerlo mediante un form con inputs ocultos o mediante url....
por ejemplo
<form name="form1" method="post" action="programa.exe">
<input type="hidden" name="clave" value="<%=clave%>">
<a href="programa.exe?var=valor1&var2=valor2">liga</a>
a lo mejor tu problema es que apunta a un .exe , a un cgi o un php, de la manera que te menciono, no hay ningun fallo