Supongo que la correccion la haces en photoshop, al aplicar e importar a freehand pasa lo que comentas, bueno de entrada hace algunas semanas se trato eso, te dejo el link:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...light=freehand
Ahora antes de mandar a la imprenta puedes preguntar donde hacen sus pruebas de color partiendo de los archivos, y sacar algunas de las paginas que mas tengas dudas, si es completo mejor, recuerda que ese mismo les podra servir a los del taller para evitar alguna alteracion de color.