Eso si siempre esa variable es la última... también podrías emplear expresiones regulares:
Código PHP:
if(ereg("(.*)prueba1=(.*)",$_SERVER['REQUEST_URI'])){
///ya no poner
}else{
//agregar &prueba1=1
}
De esa manera prueba1 puede estar en cualquier parte de la cadena y ya no la repetirá. También es mejor utilizar en tus scripts los arrays superglobales para que sean compatibles con un estado OFF de la directiva register_globals. Por eso mejor utiliza $_SERVER['REQUEST_URI'] en lugar de $REQUEST_URI.
Saludos