Hola .: | BENNY | :. :
Si el archivo js tiene instrucciones del tipo document.write/writeln fuera de las funciones son para ser incrustrados dentro de cualquier elemento dentro del body... y si no seguramente sea conveniente ponerlos en el head de la página.
Sobre usar archivos externos, es algo muy útil para reutilizar el código y creo que también es aconsejable para "organizar" mejor la página, pero en ocasiones para pocas líneas de código creo que es mejor que sea parte de la misma página
Saludos
