Hola Gueivan
Prueba a ponerle el Server.MapPath(.)
osea
<%
Set fso = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
fso.DeleteFile(Server.MapPath(.)&"/e.txt") <--- esta es la liena 3
Response.write("eliminado")
%>
si no funciona haz una variable del server.mappath e imprimela en pantalla te dara una idea de donde esta ejecutandolo, porque claramente el problema es que no encuentra el fichero.
Un Consejo asegurate que el directorio donde quieres eliminar tiene permisos de escritura, yo me pase muchas horas pegandome hasta que le di el gancho.
Tomás Casquero
www.bdnwebsolutions.com (En pruebas, Proxima apertura Sep)