Tendrás que centralizar las descargas .. es decir, que todo pase por tu script que será el que hará dos cosas principalmente:
1) contabilizar tu descarga.
2) redireccionar hacia el link que indiques.
Ejemplo básico:
ir_a.php
Código PHP:
<?
// contabiliza tu descarga .. no sé si a una BD o hacia donde. Usa como referencia el nombre del link (Ruta) hacia donde redireccionas
// Y redireccionas al link indicado
header ("Location: ".$_GET['link']);
?>
Su uso:
ir_a.php?link=http://www.nose.tal
Un saludo,