Si tienes que trabajar con dos BD de datos (conexiones) diferentes .. Tienes que hacer la conexión a tu BD 1 y a la BD 2 (mysql_connect()) y seleccionar la BD a trabajar (mysql_select_db()) ..pero usando el link que has creado en cada uno de los anteriores $link1=mysql_connect() ... $link2=mysql_connect(), aunque sean a la misma BD. El objetivo de todo esto es separar ambas consultas y usar ese $link1 o $link2 como parámetro para mysql_select_db() y para los demás mysql_xxx() que uses como el mysql_query() para que "sepa" PHP y Mysql de que "BD" estás hablando.
Fijate en la documentación de PHP sobre mysql y veras que todas las funciones de mysql tienen el parámetro opcional de "link" de conexión (es opcional si usas una sóla conexión por scritp .. pero has de indicarlo si usas várias).
www.php.net/mysql
Un saludo,