trata con este codigo.
Codigo HTML para el checkbox
Código PHP:
<input name="NumID[]" type="checkbox" id="NumID" value="<?=$numfilas['ID']?>">
codigo PHP en la pagina para procesar la forma
Código PHP:
if (is_null($_POST['NumID'])) die ("No selecciono ningun mensaje!");
$string = join(',', $_POST['NumID']);
$SQL = "DELETE FROM mensajes WHERE ID IN (".$string.")";
como vez usando el join, y usando el IN en el query puedes hacer lo que tu dices, sin el for.
espero te ayude.