Tanto en Windows como en Linux tienes herramientas del Sistema Operativo para ejecutar taréas programadas; en tu caso ejecutar tus scripts de proceso PHP que harán lo que corresponda.
En Linux le llaman "Cron job" y en windows "Programador de Teréas" .. Busca información o consulta como programarlos en los foros respectivos.
Cara a PHP .. tu script debería ser de tipo "CLI" (ejecutado bajo línea de comandos) .. pero podría ser tal cual lo programas para acceso "HTTP" (bajo tu servidor HTTP) según el comando que ejecutes en el cron job o similar para llamar al script PHP.
http://www.php.net/features.commandline
Un saludo,