Hola
Ciertamente colocar una animación de flash o utilizar plugins en las páginas y luego querer validarlas suele ser un poco problemático, sin embargo, hay soluciones para todo, aquí pego un códigode ejemplo de una página que tengo en la que hay animaciones de flash y validan perfectamente como xhtml 1.1.
Código:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="menu.swf" width="175" height="375">
<param name="movie" value="menu.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="loop" value="false" />
<param name="autostart" value="false" />
</object>
Felicidad